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本分局隸屬於臺北市政府警察局,為臺北市政府二級機關,置分局長、副分局長,下設行政組、督察組、防治組、保防組、民防組、交通組、秘書室、偵查隊、勤務指揮中心、警備隊、木柵派出所、木新派出所、復興派出所、指南派出所、萬芳派出所、會計室、人事室、交通分隊(交通警察大隊配賦),共同為文山區的治安、交通打拼,組織架構圖如下:
 

文山一分局組織架構 交通分隊 萬芳派出所 指南派出所 復興派出所 木新派出所 木柵派出所 警備隊 人事室 勤務指揮中心 會計室 偵查隊 秘書室  分局長  副分局長  行政組  督察組  防治組  保防組  民防組  交通組


本分局各單位職掌如下:
1.分局長室:綜理分局勤、業務,並指揮監督所屬員工。
2.行政組:勤務規劃督考、公共關係(含警友會)、正俗業務、志工團隊組訓運用、總務、駕駛工友管理及一般行政協助推行等事項。
3.督察組:勤務執行之督導考核、員警風紀維護、特種警衛與一般警衛派遣、集會遊行、秩序維護、保安警備措施規劃執行及警察常年教育訓練等事項。
4.防治組:警政婦幼安全業務、落實警勤區工作(家戶訪查、失蹤人口查尋通報處理、社區警政規劃執行)、警勤區劃分調整、協助主管機關對外國人、大陸地區人民、港澳居民與臺灣地區無戶籍國民非法活動之調查處理及其他有關外事警察業務等事項。
5.保防組:機密保護、安全防護、保防教育、機關保防工作推行、觀光保防與社會保防工作推展、執行危害國家安全案件偵防作為、社會情報與治安調查工作推行及其他有關安全偵防業務等事項。
6.民防組:義勇警察、民防團隊組訓與運用、防空疏散避難業務、災害防救業務、公私防空避難設備管理檢查與維護督導、全民防空(萬安)演習事宜及運用民防人力協助警察勤務之規劃督導協調等事項。
7.交通組:交通管理規劃與交通秩序整理之督導執行、交通執法查察取締、道路施工交通管制會勘及其他交通業務等事項。
8.秘書室:文書、檔案、出納之管理與資訊、研考、員警心理諮商輔導等業務及不屬於其他各單位事項。
9.偵查隊:違反社會秩序維護法處理與行政處分、拾得物處理、拘留所管理、犯罪偵防、犯罪再犯機制策劃與執行、刑事案件偵訊與移送、婦幼刑案偵查、通緝犯查緝、治安顧慮人口監管、刑案紀錄統計與資料分析運用、刑事現場勘察與痕跡蒐證、刑事鑑識、經濟警察業務、強化刑事責任區工作、不良幫派組合、組織犯罪檢肅及應受尿液採驗人採驗工作等事項。
10.勤務指揮中心:警察勤務之指揮、調度、協調、聯繫與最新治安狀況之通報管制、受理民眾與110通報案件之派遣、管制事項、組合巡邏警力派遣及聯繫等事項。
11.警備隊:治安巡邏 、臨時勤務派遣及支援。
12.木柵派出所:治安巡邏、刑案受理、為民服務、交通安全維護、其他應協辦工作。
13.木新派出所:治安巡邏、刑案受理、為民服務、交通安全維護、其他應協辦工作。
14.復興派出所:治安巡邏、刑案受理、為民服務、交通安全維護、其他應協辦工作。
15.指南派出所:治安巡邏、刑案受理、為民服務、交通安全維護、其他應協辦工作。
16.萬芳派出所:治安巡邏、刑案受理、為民服務、交通安全維護、其他應協辦工作。
17.會計室:依法辦理歲計、會計及統計事項。
18.人事室:機關組織編制、員工獎懲、任免、遷調、銓審、考核、差假、勤惰管理、員工待遇、福利、保險、退撫、員工資料管理。
19.交通分隊(交通警察大隊配賦):交通指揮疏導管制、稽查取締違規行為及事故處理、交通安全維護等各項工作。